Первоначально обучение в Московском университете велось на 3 факультетах: юридическом, медицинском и философском. На юридическом факультете преподавали всеобщую и российскую юриспруденцию, а также «политику» – международное право и историю международных отношений. В образовательную программу медицинского факультета входила не только сама медицина, но и другие естественные науки – физическая и аптекарская химия, натуральная история и анатомия. На философском факультете изучались такие дисциплины, как логика, метафизика, нравоучение, экспериментальная и теоретическая физика, ораторское искусство, поэзия, всеобщая и российская история «с выделением древностей и геральдики». Обязательным для всех студентов было трехгодичное обучение на философском факультете, который можно считать общеобразовательным, подготовительным к поступлению на другие факультеты. За эти три года студент должен был преуспеть в словесности, русском, латинском, греческом и одном из новейших языков, а также в географии, истории, мифологии, математике, физике и логике. Преподавание каждого курса лекций было разделено на полугодия. После университетской реформы начала XIX века были образованы 4 факультета – нравственных и политических наук (философский), физических и математических наук, медицинский, словесности. В 1849 году преподавание философии запретили, а философский факультет преобразовали в два факультета – историко-филологический и физико-математический.
Московский университет, создававшийся по образу и подобию европейских, тем не менее не во всем следовал правилам классического университета. Так почти на протяжении полувека Московский университет не имел выборного ректора. Возглавлял учебное заведение директор, назначенный правительством. Он не был выходцем из научной среды, а являлся чиновником довольно высокого ранга, его жалованье в 2—3 раза превосходило оплату работы профессоров. Управляя университетом, директор должен был лишь совещаться с профессорами по вопросам внутриуниверситетской жизни. Первым директором Московского университета стал А.М. Аргамаков, коллежский советник член Комиссии по пересмотру законов. Он недолго пробыл на посту директора, скоропостижно скончавшись в 1757 году, но успел оставить по себе добрую память, как человек, неустанно заботившийся о благополучии первого высшего учебного заведения России. Директор становился посредником между университетом и куратором, который назначался из числа «знатнейших особ государства». Куратор во многом единолично определял все правила, по которым жил университет, назначал преподавателей, утверждал программы лекционных курсов. С момента основания университета и на протяжении следующих 42 лет куратором университета являлся И.И. Шувалов. Среди людей, впоследствии курировавших Московский университет, было немало ярких, неординарных личностей. Достаточно назвать лишь имена М.М. Хераскова – поэта, драматурга и основателя знаменитого университетского театра и М.Н. Муравьева – автора реформы университета 1803 года, благодаря которой он стал превращаться в «ученую республику» и обрел первого избранного ректора. Им стал профессор Х.А. Чеботарев, историк и географ. В разное время пост ректора занимали такие выдающиеся личности, как академик М.Т. Каченовский (1837—1842 годы), академик С.М. Соловьев (1871—1877 годы), доктор философии князь С.Н. Трубецкой (1905 год).
Важной особенностью Московского университета была его автономность – он подчинялся Сенату, а «принадлежащие университету чины» освобождались от полицейских повинностей и были подвластны лишь университетскому суду.
