Война 1812 года принесла страшное разорение Московскому университету. Умерло несколько профессоров, не вынесших тягот эвакуации и дороги, в пожаре погибли не только практически все университетские здания, но и уникальные коллекции, собрания книг, лабораторное оборудование и приборы. Виновниками этой катастрофы с полным правом можно назвать главнокомандующего Москвы графа Ф.В. Ростопчина и попечителя университета П.И. Голенищева-Кутузова, не предпринявших сколько-нибудь серьезных усилий для своевременной эвакуации главного учебного заведения России. Главнокомандующий Москвы видел в университете лишь оплот якобинства, а профессоров, среди которых было немало иностранцев, прямо называл пособниками французов, дожидающимися удобного момента, чтобы перейти на сторону врага.
Море огня, охватившее Москву в страшную ночь с 3 на 4 сентября 1812 года, пощадило университет, но наутро, когда пылал уже весь центр города, пожар подступил вплотную к университетским корпусам, уничтожив часть из них. Следующей ночью огонь добрался до главного здания университета. По этому поводу профессор Штельцер, остававшийся в городе, позднее писал: «Когда я хотел идти в главное строение, которое между тем было в безопасности, то в половину 2го часа ночи увидел деревянную обсерваторию на оном находящуюся, горящей, вероятно от пролетевших головень. 4 человека могли бы спасти строение, но я ни одного призвать не мог, ибо все, опасаясь дурных поступков, с робостью скрывались». Наутро от университетских зданий остались лишь стены, кладовые и погреба были разграблены, погибли архив, библиотеки и коллекции.
