Чем дальше лодка продвигалась на север, тем сумрачнее и холоднее становилось море. В полночь блеснул маяк на мысе Африка, моряки простились с родными берегами и подводный корабль взял курс на восток. Жизнь на подлодке шла своим чередом: менялись вахты, мотористы следили за работой дизелей, электрики трудились над аккумуляторными батареями. Но больше всех доставалось сигнальщикам, которым приходилось в любую погоду нести вахту на верхней палубе, часами напряженно вглядываясь в горизонт. Японский десант недавно занял Алеутские острова Кыска и Атту, и на подходах к ним частенько вспыхивали ожесточенные бои между кораблями и авиацией военно-морских сил США и Японии. Здесь пришлось усилить наблюдение – на мостике неизменно дежурили три сигнальщика вместо одного, вахтенный у кормовой пушки находился в постоянной боевой готовности.
Сутки чередой сменяли друг друга, а на горизонте по-прежнему не было ни дымка, ни паруса. Погода не баловала подводников – лодку преследовали штормы. Угрюмое, словно растревоженное чем-то море не находило себе покоя.
Из дневника Григория Щедрина: «22.10 42 г. Берингово море. Радисты приняли радиограмму с известием о гибели „Л-16“ на переходе Датч-Харбор—Сан-Франциско. Потоплена неизвестной подводной лодкой. Подробностей нет. Погибли наши друзья-товарищи – Митя Гусаров, его комиссар Ваня Смышляков и пять десятков отличных ребят… Вечная память!» Оглушенные этим страшным известием, моряки еще долго не могли поверить в случившееся. Утром 23 октября С-56 и С-51 оказались в виду острова Амакнак. Из бухты навстречу им выходил крейсер «Индианаполис». Советские субмарины в сопровождении американского сторожевика прошли боновые ворота гавани и пришвартовались к причалу военно-морской базы Датч-Харбор.
Кто виноват? Обстоятельства гибели Л-16 стали известны из рассказов экипажа Л-15, шедшей в паре с потопленной субмариной. О событиях 11 октября дает представление по-военному лаконичная докладная записка командира Л-15 капитан-лейтенанта Комарова: « …Погода стояла хорошая, видимость полная, море – один балл. ПЛ шли строем кильватера Д 3 кбл., ход 8 узлов. ПЛ „Л-16“ шла головной… В 11 час. 15 мин. (22 час. 15 мин. московское время ) в точке ш=45°41 N, д=138°56' W ПЛ „Л-16“ была торпедирована с подводной лодки и утоплена со всем личным составом… По ней выпущено две торпеды, предполагаю, торпеды попали в кормовые отсеки, ибо ПЛ погрузилась с дифферентом на корму 45°, затонула через 25—30 секунд. Принял решение уклониться – оторваться от ПЛ „Л-16“ ходом 15 узлов. Отходя противолодочным зигзагом…в 11 час. 15 мин – 11 час. 17 мин. на расстоянии 7-8 кбл. от точки гибели ПЛ „Л-16“ за масляным пятном обнаружили два перископа, по которым открыл огонь из 45-мм орудия. Выпустил 5 снарядов, ПЛ погрузилась, прекратил огонь… Через одну минуту после того, как погрузилась ПЛ „Л-16“, слышал два глухих подводных взрыва – считаю, взорвались батареи». Виновника гибели Л-16 долгое время не удавалось установить. Сейчас можно с достаточно большой степенью уверенности говорить, что это была японская субмарина I-25. Однако сомнения остаются. Во всяком случае, наших подводников, участвовавших в переходе, не покидало ощущение, что к трагедии Л-16 причастна американская подлодка.