Эмблема Ордена — белый восьмиконечный крест Амальфи символизирует чистоту намерений носящего его человека.
Время основания Иерусалимского ордена св. Иоанна принято связывать с Первым крестовым походом. Однако почва для его возникновения была подготовлена практически сразу после того, как в Римской империи состоялось официальное признание христианства. После Никейского собора 325 года и судьба, и внешний облик древней еврейской столицы претерпели существенные изменения. Старый Иерусалим был разорен и разрушен почти за 300 лет до прибытия в него (носившего тогда название Элиа Капитолина) императора Константина и его матери Елены. Целью приезда царственных особ были поиски Животворящего Креста, то есть древа, на котором распяли Иисуса.
Крест после многих трудов был счастливо обретен, а топография Иерусалима, впрочем, как и всей Палестины, значительно преобразилась — на карте города появилось множество мест, упомянутых в Евангелие и связанных с земной жизнью Спасителя. Так, в 335 году на месте Его крестных мук был построен Храм Гроба Господня, а на Оливковой горе возведена церковь Вознесения. В 532 году императором Юстинианом была воздвигнута базилика, посвященная Деве Марии, и при ней — две больницы для бедных (одна — для мужчин, другая — для женщин). Создание подобных лечебных приютов заложило основу христианской традиции по оказанию бескорыстной помощи всем нуждающимся. В Европе подобные больницы носили название hospitia и строились на средства благотворителей.
Таким образом, Палестина быстро превратилась в то место, с которым для любого верующего согласно христианской системе ценностей была связана надежда на очищение от грехов и спасение души. Однако для паломников дорога в Святую Землю, где каждый из них мог обрести приют и помощь церкви, была полна опасностей. Изнуренные голодом и болезнями, пилигримы с великим трудом добирались до Палестины. Но если кто-то из них не хотел покидать эту благословенную землю, он оставался, предварительно приняв монашеские обеты, дабы творить дела милосердия при монастырских больницах. Такое положение мало изменилось даже тогда, когда Иерусалим в 638 году захватили арабы.
В X веке Святая Земля стала основным центром христианского паломничества, а в 1048 году Константино ди Пантелеоне — благочестивый купец из итальянской республики Амальфи — испросил разрешения у египетского султана основать в Иерусалиме приют для больных христиан при церкви Марии Латинской. Этот приют получил название Иерусалимского Госпиталя Святого Иоанна, а его символической эмблемой, в память об основателях, стал белый 8-конечный крест Амальфи. С тех пор братство монахов-бенедиктинцев, избравшее поначалу своим святым патроном Иоанна, патриарха Александрийского (умер в 620 году), стало называться обществом иоаннитов, а его члены получили название госпитальеров (от лат. hospitalis — «гостеприимный»).
Иоанниты носили черные одежды бенедиктинцев с белым крестом, а во время походов надевали красную накидку с таким же крестом. Каждый из этих цветов имел свое символическое толкование: черный, траурный, означал отречение от земного, белый — чистоту, а красный — Христову кровь.
Иоанн Александрийский был широко известен своими благотворительными делами. Несколько позже Орден сменил покровителя — им, также совершенно не случайно, был избран Иоанн Креститель. Он, будучи сыном священника Захарии, многие годы провел отшельником в пустыне, питаясь лишь кузнечиками. Жизнь пророка являла для монашествующей братии идеальный пример смирения.
Почти 50 лет жизнь госпитальеров текла размеренно — между молитвами и уходом за страждущими, — пока осада Иерусалима крестоносцами, случившаяся в 1099 году, не нарушила покой мирной монашеской жизни. Согласно преданию христиане, как и другие жители осажденного города, вынуждены были принимать участие в защите Иерусалима, оказывая поддержку 40-тысячной армии египетского калифа. Правда, хитроумные иоанниты вместо тяжелых камней предпочитали бросать на головы изголодавшимся рыцарям свежий хлеб. Когда же их ректор Жерар был схвачен мусульманскими властями и обвинен в измене, то на глазах у судей этот хлеб чудесным образом превратился в камень, а Жерар счастливо избежал неминуемой гибели. 15 июля 1099 года измученный осадой Иерусалим наконец пал под яростным натиском крестоносцев.
Герцог Готфрид Бульонский щедро вознаградил усилия иноков, а многие рыцари вступили в братство, приняв монашеские обеты послушания, благочестия и нестяжания, поклялись защищать паломников во время путешествий. Официальное создание Ордена было подтверждено сначала хартией Болдуина — правителя Иерусалимского королевства в 1104 году, а затем, спуcтя 9 лет, — буллой Папы Пасхалия II. Хотя первый ректор госпитальеров за свое благочестие был причислен к лику святых, расцвет деятельности Ордена связывают все же с именем Раймонда Прованского (1120—1160 годы), сменившего Жерара на посту Великого магистра. Раймонд, принадлежавший к тем рыцарям, которые принимали участие в осаде Иерусалима, установил совершенно новые правила. Отныне Орден должен был постоянно содержать при госпитале трех хирургов и пятерых врачей, число же больничных коек в лучшие времена достигало 2 000. Кроме того, иоанниты начали получать щедрые денежные пожертвования и приобретать на них земельные угодья. Только на Святой Земле им принадлежало около 140 поместий, а в Европе к XIII веку насчитывалось более 19 000 владений.
Поскольку братство госпитальеров изначально не предусматривало военной деятельности и его члены далеко не сразу начали принимать участие в сражениях, то первые его уставы даже не упоминали в своих правилах рыцарские обязанности — они касались лишь правил жизни монашеской. Сначала рыцарей нанимали на деньги благотворителей для охраны паломников, дабы иноки не оскверняли себя людской кровью. Позже при приеме в Орден было введено разделение на тех, кто вступал в него лишь временно, и тех, кто принимал все необходимые монашеские обеты. В статуте Ордена военные братья не упоминались вплоть до 1200 года, когда их обязанности впервые были описаны в статуте Альфонсо Португальского, девятого по счету Великого магистра. Тогда же, вероятно, начало складываться деление членов Ордена на три категории: на братьев-военных (получавших благословение на ношение и использование оружия), братьев, занимавшихся лечением больных и раненых, и братьев-капелланов, в обязанность которых входило выполнение религиозных обрядов, таких как литургия, исповедь и причастие.
Рыцари по своему социальному статусу приравнивались к монахам и подчинялись только Папе Римскому, имели собственные церкви, кладбища и земли, принадлежащие им. Они также освобождались от налогов, и даже епископы не могли отлучить их от Церкви.
После падения в 1291 году последнего оплота крестоносцев на Востоке рыцари Ордена ненадолго перебрались на Кипр, а спустя 20 лет — на Родос, где Орден просуществовал вплоть до нападения турок, случившегося в 1523-м. Через 42 года он обосновался на Мальте. Больницы же, основанные рыцарями, долгое время оставались центрами врачебного искусства.
В 1798 году Мальту захватили войска Наполеона, это обстоятельство положило начало рассеянию членов Ордена по миру и привело к возникновению множества орденов иоаннитов. На короткое время, в правление Павла I, рыцари нашли приют в России, но после смерти императора были вынуждены перебраться в Рим. Сегодня Орден называется Суверенным Военным орденом Госпитальеров Святого Иоанна Иерусалимского, Родосского и Мальтийского. Его Великим магистром и правящим князем в настоящее время является фра Эндрю Берти.