В 1509 году к берегам Малакки подошли португальцы. Малакканцы, не долго думая, решили нанести упреждающий удар по внезапно объявившимся пришельцам. С чисто восточным коварством султан, поначалу вполне дружественно отнесшийся к заморским гостям, вскоре внезапно атаковал португальский флот, захватив множество пленных. Представлял ли он себе, с кем имел дело и во что в результате ввязался? Снести подобного оскорбления гордые иберийцы не могли. Операция возмездия, готовившаяся на протяжении двух лет, не оставила Малаккскому султанату ни малейшего шанса. В 1511 году город был взят штурмом и султан был вынужден покинуть его пределы. Он был вытеснен на юг, в Джохор.
Португальцам, отпраздновавшим победу, казалось, что золотой век наступил теперь для них. И они вдохновенно принялись осваивать новые земли. Здесь начали появляться христианские миссионеры, во множестве строились новые храмы и здания. Лицо города стало приобретать ярко выраженные европейские черты. Для обороны от посягательств потенциальных врагов в Малакке была возведена крепость А Фамоза. Но и она не помогла португальцам сохранить завоеванное.
Через 130 лет после захвата ее португальцами Малаккой заинтересовались голландцы. В течение 8 месяцев осаждали они город и в конце концов сумели его захватить. Хотя сделано это было отнюдь не из соображений острой необходимости, а по большей части из принципа – дабы назойливые конкуренты не путались под ногами. Даже взяв город и прочно в нем обосновавшись, голландцы гораздо больше ценили Батавию (современную Джакарту), расположенную на острове Ява. Именно она стала столицей их колониальной империи – Малакке же отводилась роль рядового сторожевого поста. Это не значило, что новые власти совсем не уделяли Малакке внимания, но на протяжении последующих 150 лет она оставалась в тени. Так что очередная смена власти прошла на удивление тихо и бескровно.
Голландское правление закончилось в 1824 году деловым обменом с Великобританией, которой Малакка нравилась гораздо больше, чем отданный за нее кусок острова Суматра.
