Второй по величине после Вильнюса литовский город Каунас (до 1917 г. — Ковно) впервые упоминается в летописях в 1361 году, хотя его история началась задолго до этого. Каунасский замок, возведенный в XIII веке у слияния двух рек Немана и Нериса, в XIV — начале XV веках имел большое стратегическое значение, защищая Литовское княжество от набегов крестоносцев. Замковая крепость имела двойные оборонительные стены, которые в 1362 году после трехнедельной осады все-таки были разрушены крестоносцами. До наших дней сохранилась только одна из четырех замковых башен.
К середине XV века город у крепости, в котором активно развивались различные ремесла, превратился в крупный торговый центр. В нем находились купеческие представительства разных стран Европы. Некоторые готические храмы того времени: церковь Витауто (начало XV века), Кафедральный собор Петра и Павла (XV — XVII), так называемый дом Перкуно (XV — XVI), можно увидеть и сейчас.
В 1542 году был заложен первый камень в основание главной площади города. Тогдашний литовский король Зиджимантас Старый вскоре отменил все налоги и даровал гражданам Каунаса особые привилегии. Городская площадь превратилась в главный рынок.
С 1569 года Каунас стал принадлежать Речи Посполитой, а в 1795-м вошел в состав Российской империи. Во времена наполеоновских нашествий город был оккупирован, разорен и практически разрушен. На восстановление ушло несколько десятилетий. В 1843 году Каунас стал губернским центром.
С 1879 года, после указа российского правительства, Каунас был превращен в крепость, призванную оберегать западную границу империи. Вокруг нее было возведено несколько фортов, две линии укреплений, а также расположено множество артиллерийских батарей. По принятой в то время в России фортификационной классификации, каунасская крепость причислялась к Первому классу. К началу Первой мировой войны ее военный гарнизон насчитывал около 90 тысяч человек, то есть военных в городе было столько же, сколько и мирных житилей. После того, как в 1919 году Вильнюс был захвачен поляками, Каунас на время стал столицей Литвы.
Главная улица сегодняшнего Каунаса — Лайсвес аллея, соединяющая старый и новый город, была заложена еще в XIX веке. В знаменитом на весь мир Музее чертей, открытом в 1966 году, сейчас хранится больше 20 000 экспонатов.